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不同的微生物要求不同的pH：大多数细菌藻类和原生动物的最适pH为6.5～7.5，它们的pH适应范围在4～10之间。细菌一般要求中性和偏碱性。某些细菌，例如氧化硫硫杆菌和板端嗜酸菌。需要在酸性环境中生活，其最适pH为3，在pH为1.5时仍可生活。放线菌在中性和偏碱性的环境中生长，pH以7.5～8.0最适宜。酵母菌和霉菌要求在酸性或偏碱性的环境中生活，最适pH范围在3～6，有的在5～6，其生长极限在1.5～10之间。工业废水的pH多会偏离6～9的范围。在生物法净化这类酸性或者碱性有机废水前，必须用酸或碱加以调节．使pH维持在7左右后方可与微生物接触。事实上，净化污（废）水的微生物适应pH变化的能力比较强，曝气池中的pH维持在6.5～8.5均可，大多数细菌、藻类、放线菌和原生动物等在这种pH下均能生长繁殖，尤其是形成菌胶团的细菌能互相凝聚形成良好的絮状物，取得良好的净化效果。有机固体废物的pH为5～8，堆肥初期pH下降至5以下．以后上升至8.5，成熟堆肥的pH在7～8之间。

污（废）水生物处理的pH宜维持在6.5以上至8.5，是因为pH在6.5以下的酸性环境不利于细菌和原生动物生长，尤其对菌胶团细菌不利。相反，对霉菌及酵母菌有利。如果活性污泥中有大量霉菌繁殖，由于多数霉菌不像细菌那样分泌黏性物质于细胞外，就会降低活性污泥的吸附能力，其絮凝性能较差，结构松散不易沉淀，处理效果下降，甚至导致活性污泥丝状膨胀。

在培养微生物的过程中，随着微生物的生长繁殖和代谢活动的进行，培养基的pH会发生变化，有的由碱性变酸性，有的由酸性变碱性，其原因是多方面的。例如，大肠杆菌在pH为7.2～7.6的培养基中生长，分解葡萄糖和乳糖产生有机酸，这会引起培养基的pH下降，培养基变酸。微生物在含有蛋白质、蛋白胨及氨基酸等中性物质的培养基中生长，这些物质可经微生物分解产生NH3和胺类等碱性物质，使培养基的pH上升。另外，由于细胞选择性地吸收阳离子或阴离子，也会改变培养基的pH。如用（NH4）2SO：作无机氮源时，当NH4＋被菌体吸收用于合成氨基酸和蛋白质后pH下降，以及用NaNO3作氮源时，NO3被吸收后，培养基的pH会上升。因此，在考虑培养基成分时，要加入缓冲性物质，如KH2PO4和K2HPO4等。 

在废水和污泥厌氧消化过程中，要控制好产酸阶段和产甲烷阶段的平衡，pH很关键。通常pH应控制在6.6～7.6，最好控制在6.8～7.2之间。城市生活污水、污泥中含蛋白质，在处理时可不加缓冲性物质，如果不含蛋白质等物质，处理之前就要投加缓冲物质。若是连续运行，不但在运行之前，而且在运行期间也要注意投加缓冲物质，所加的缓冲性物质有碳酸氢钠、碳酸钠、氢氧化钠、氢氧化铵及氨等，以碳酸氢钠为佳。